تمثل مخازن متحف باردو متحفا ثانيا موازيا و لكنه مخفي حيث تتواجد مجموعات من القطع النادرة التي تثريها الحفريات المقامة في المواقع المشهورة أو غير المعروفة من هذه الأرض العتيقة. هذا المتحف الخفي هو ميدان الباحثين و الخبراء الذين يعدون هذه التحف الفنية لعرضها مستقبلا للجمهور.