تمت برمجة ستة أقسام جديدة بالمبنى الجديد وهي مخصصة لفترة ما قبل التاريخ, الحضارة الفينيقية البونية, العالم النوميدي, المجموعة البحرية بالمهدية, العهد القديم المتأخر و الإسلام. و يستقبل رواق قرطاج بالطابق الثاني فنون النار العائدة إلى الفترة الرومانية (بلور, خزف, برونز). أما قلب "الحريم " (قاعة "فرجيل" القديمة) فسيستقبل كنوزا من النقود و من التحف المتميزة.

فهذا العرض الجديد مبرمج ليكون شاهدا على الهوية الثقافية التونسية. و يحافظ المتحف التاريخي (أي القصر القديم لحريم "محمد باي") تقريبا على كامل مجموعاته الشهيرة من الفسيفساء والمنحوتات الرومانية والتي سوف تتمركز بقاعة "قرطاج". كما انه سيقع إدماج عدد من فضاءات الترجمة بمسار الزيارة  للتعريف بالتراث الوطني بطريقة تعليمية و لتوضيح تطوراته التاريخية.

أقيم مشروع ترميم الهياكل الخشبية الداعمة للقصر الكبير و تغيير سطحه القرميدي سنة 2009 بفضل هبة مالية من ايطاليا. كما مكنت هبة ايطالية ثانية من ترميم طلاء الأسقف الخشبية لقاعات الاستقبال ذات النمط الباروكي وهو ما مكن من المحافظة على تراث مشترك بين تونس و ايطاليا. هذا المشروع المبرمج لسنتي 2011 و 2012 سينجز بأيادي تونسية يأطرها خبير ملحق من المركز الدولي لحماية الممتلكات الثقافية وترميمها  بروما ( الايكرومICROM  )