Depuis 2004, un programme d’inventaire informatisé des collections a été entamé selon la base de données « Virgile », fournie par la Division du Développement Muséographique (I.N.P). La numérisation de la collection des négatifs en plaques de verre, qui constituent le principal témoignage de l’histoire du musée et de l’état des sites culturels de la Tunisie, est en cours d’achèvement.
Durant cette phase historique du musée, un partenariat avec le musée du Louvre, pour la période 2009-2014, a été établi : il concerne la restauration et la présentation de la collection des sculptures romaines du Musée National du Bardo. Cet accord prévoit l’échange des expositions entre les deux institutions muséales.
Des expositions intitulées « Mémoire à la carte »  et « Magie d’ambre » ont été présentées au public à l’occasion de la commémoration du 120ème anniversaire du musée national du Bardo en   Mai 2008.
Les collections du Musée National du Bardo ont voyagé à Karlsruhe ( Allemagne) dans les expositions  suivantes : «  Hannibal ad portas » en 2004,  au sujet de  Sejnane, pays d’une tradition millénaire,  en 2005, sur les Vandales héritiers de l’Empire en 2009, ainsi qu’à  Los Angeles à l’exposition « Stories in Stone , conserving  mosaïcs of Roman Africa » en 2006 ; enfin à l’Institut du Monde Arabe à Paris dans le cadre des expositions : « Les Phéniciens et la Méditerranée » en 2007 et « Les Lumières de Kairouan » en 2009.