بدأ, منذ سنة 2004, استعمال برنامج يعتمد الإعلامية لجرد المجموعات حسب قاعدة البيانات "ورجلوس" و هو مهدى من طرف قسم التنمية المتحفية للمعهد الوطني للتراث. شارف الجرد الترقيمي (رقمنة) لمجموعات من الصور السلبية المصنوعة من لوحات بلورية, و التي تمثل الشواهد الأساسية على تاريخ المتحف و على حالة المواقع الثقافية التونسية, على الانتهاء.

خلال هذه المرحلة التاريخية للمتحف, تم إبرام اتفاقية مع متحف "اللوفر" الفرنسي للفترة الممتدة بين 2009 و 2014. يخص هذا التعامل ترميم و عرض مجموعة منحوتات رومانية بالمتحف الوطني بباردو. و ينص هذا الاتفاق على تبادل المعارض بين المؤسستين المتحفيتين. و قد تم تقديم عرض " بطاقة ذاكرة " و عرض "سحر العنبر" للجمهور بمناسبة الاحتفال بعيد الميلاد المائة و العشرون للمتحف في ماي 2008.

و قد سافرت مجموعات متحف باردو إلى ألمانيا خلال عرض "حنبعل" سنة 2004 و عرض حول سجنان, بلد التقاليد القديمة, سنة 2005 و سنة 2009 , عرض حول "الواندال", ورثة الإمبراطورية. كذلك عرض "حكايات من حجر, تحافظ عليها الفسيفساء الرومانية الإفريقية" بلوس أنجلس (أمريكا)  سنة 2006 و عروض بمعهد العالم العربي بباريس ضمن إطار معارض"الفينيقيون و المتوسط" سنة  2007 و " أنوار من القيروان" سنة 2009.