En 1988, l’événement de la commémoration du centenaire du musée du Bardo est marqué par l’inauguration d’une exposition temporaire intitulée « Le musée du Bardo entre hier et aujourd’hui de 1888-1988 »’. Mme Ben Abed veille à la rénovation du département punique, la création d’une salle de trésor et la mise en place d’un éclairage d’ambiance au niveau de la salle de Carthage.

En 1991, après un court passage du préhistorien M. Jamel Zoughlami à la tête du musée, M. Habib Ben Younès, chercheur spécialiste de la civilisation libyco punique se voit confier la direction du musée (1991-2001), avec pour but de réorganiser les institutions patrimoniales et d’élargir leurs prérogatives.  Ainsi plusieurs réalisations ont vu le jour grâce à un partenariat entre l’Institut National du Patrimoine (INP) et l’Agence Nationale de la Mise en Valeur du Patrimoine et de la Promotion culturelle (AMVPPC), partenariat qui a permis un réaménagement du couloir des sarcophages, du département de la Préhistoire et de la salle punique.

L’ethnologue Mme Samira Gargouri Sethom a dirigé la mise en place d’une salle des coiffes et d’habits traditionnels avec le concours de l’Office National du Tourisme Tunisien (ONTT) ; elle fut  inaugurée en 1995.

Après le retour d’Allemagne  et de France (Exposition Carthage au  Petit Palais  de Paris) des collections restaurées des fouilles sous-marines de Mahdia, un département des trésors de la Méditerranée est aménagé au premier étage avec une présentation muséographique didactique et conforme aux normes de conservation.
Pour parfaire ces réalisations muséographiques, des structures d’accueil du public ont été aménagées au rez-de-chaussée pour le confort des visiteurs.

Parmi les expositions temporaires organisées par le musée, celle du "Retour des dinosaures" préparée avec la collaboration de la cité des sciences en 1995, a connu un grand succès auprès des jeunes publics, tunisien et étranger.

Durant cette décennie, plusieurs œuvres du Musée National du Bardo ont été exposées à l’étranger, notamment aux festivités  marquantes de  la Saison culturelle  de la Tunisie en France en 1995, aux pavillons tunisiens des expositions universelles de Séville (1992) et de Hanovre (2000).  Ces expositions intitulées "couleurs de Tunisie, 25 siècles de céramique de Carthage" ont trouvé un bel écho auprès du public.

De 2001 à 2003, M. Khaled Ben Romdhane, numismate spécialiste de la période arabo islamique, nouveau conservateur du musée, organise le réaménagement du département islamique et codirige des expositions temporaires, organisées dans le musée, en collaboration avec les services culturels de l’Ambassade d’Italie en Tunisie. Le musée a aussi participé, par le prêt de certaines œuvres de ses collections, aux expositions de Lattes en 2001 (Du Christianisme à l’Islam) et de Namur en 2003 (Art tunisien des origines à nos jours).